Het NIPA is reeds in 1948 ontstaan vanuit de artsenorganisatie KNMG (Koninklijke Nederlandse Maatschappij ter Bevordering van de Geneeskunst) en kende aanvankelijk zes vestigingsplaatsen. In 1995 zijn de vestigingen verzelfstandigd. Na invoering van de Wet Educatie en Beroepsonderwijs in 1995, was het NIPA de eerste niet bekostigde Doktersassistentenopleiding met een door de Minister van Onderwijs, Cultuur en Wetenschappen erkend diploma. Met ingang van 2010 is het competentiegericht onderwijs doorgevoerd. Vanaf 2012 wordt gesproken over kwalificatiegericht onderwijs en wordt opgeleid volgens het landelijk kwalificatiedossier Doktersassistent (Calibris).
